使用inferCNV分析单细胞转录组中拷贝数变异
inferCNV用与探索肿瘤单细胞RNA-seq数据，分析其中的体细胞大规模染色体拷贝数变化(copy number alterations, CNA), 例如整条染色体或大片段染色体的增加或丢失(gain or deletions)。工作原理是，以一组”正常”细胞作为参考，分析肿瘤基因组上各个位置
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oh-my-zsh
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oh-my-zsh
123echo $SHELL chsh -s /bin/zsh # 重启生效# 主题用了 ys
macOSsed -i 报错mac自带的sed和linux表现不一致， 需要安装gnu-sed
macOS is a Unix, and not built on Linux. Thi
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单细胞测序
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t-SNE算法是什么？
可视化高维数据的一种算法。流形数据（manifold），像绳结一样的数据，虽然在高维空间中可分，但是在人眼所看到的低维空间中，绳结中的绳子是互相重叠的不可分的。t-SNE降维使高维数据在二维空间可分。t-SNE 运行极慢，PCA 则相对较快，因此更为一般的处理，尤其在展示
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小脚本
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jupyter notebook htmltypora 会自动保存
IP 是否被封 http://ping.chinaz.com/
端口换成了 444。以后换端口，就445，446这样往上试
https://www.sinocalife.com/change-ports-to-prevent-ss-
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dplyr的使用以及clusterProfiler使用
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以后每周整理一次一些技术上的内容。dplyr包的使用用于整理数据用到的函数：
mutate()
select()
gather() 将宽数据格式变为长数据格
123456789101112131415161718# 处理CpG region 文件library(dplyr)library(tid
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如何发表论文
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表达方式，应当「SHOULD」遵循《The Element of Style》：
使段落成为文章的单元：一个段落只表达一个主题
通常在每一段落开始要点题，在段落结尾要扣题
使用主动语态
陈述句中使用肯定说法
删除不必要的词
避免连续使用松散的句子
使用相同的结构表达并列的意思
将相关的词放在一起
在
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set up a BAM file
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Jbrowse：diagnostic message object response error
这种错误应该就是bam文件没有排序，或者没有建立索引。
貌似samtools sort 输出文件不能和输入文件一样，不然就没排序？这导致了后面的麻烦
2019-3-5 23:45:23：排完序之后会有输
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