用 python生成json格式的配置文件

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python 基础知识

writelines 和 write 区别：

  1. write()需要传入一个字符串做为参数，否则会报错
  2. writelines()既可以传入字符串又可以传入一个字符序列，并将该字符序列写入文件
  3. 注意必须传入的是字符序列，不能是数字序列(卡在这里搞了半天)

lambda函数

lambda作为一个表达式，定义了一个匿名函数

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>>> foo = [2, 18, 9, 22, 17, 24, 8, 12, 27]
>>>
>>> print filter(lambda x: x % 3 == 0, foo)
[18, 9, 24, 12, 27]
>>>
>>> print map(lambda x: x * 2 + 10, foo)
[14, 46, 28, 54, 44, 58, 26, 34, 64]
>>>
>>> print reduce(lambda x, y: x + y, foo)
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列表生成式

列表生成式即List Comprehensions，是Python内置的非常简单却强大的可以用来创建list的生成式。

for循环后面还可以加上if判断，这样我们就可以筛选出仅偶数的平方：

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>>> [x * x for x in range(1, 11) if x % 2 == 0]
[4, 16, 36, 64, 100]

还可以使用两层循环，可以生成全排列：

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>>> [m + n for m in 'ABC' for n in 'XYZ']
['AX', 'AY', 'AZ', 'BX', 'BY', 'BZ', 'CX', 'CY', 'CZ']

任务

用文件名（存在列表当值），生成json配置文件

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{
 "label"         : "sample",
 "key"           : "sample",
 "storeClass"    : "JBrowse/Store/SeqFeature/VCFTabix",
 "urlTemplate"   : "sample.vcf.gz",
 "type"          : "JBrowse/View/Track/HTMLVariants"
}

json 模块

示例：

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>>> import json
>>> print(json.dumps({'4': 5, '6': 7}, sort_keys=True, indent=4))
{
    "4": 5,
    "6": 7
}

原创脚本

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#!/usr/bin/env python3
'''
Make a samples.json file with sample names and file names.
'''

import json
from glob import glob

# match filenames
fastqs = glob('/usr/share/nginx/html/vcf/*.vcf.gz')
files = {}

# extract a sample name from each filename.
samples = [fastq.split('/')[-1].split('_')[0] for fastq in fastqs]
samples1 = sorted(samples)

for sample in samples1:
    files['label'] = sample
    files['key'] = sample
    files['storeClass'] = 'JBrowse/Store/SeqFeature/VCFTabix'
    files['urlTemplate'] = 'vcf/' + sample + '_filtered.vcf.gz'
    files['category'] = 'VCF'
    files['type'] = 'JBrowse/View/Track/HTMLVariants'
    js = json.dumps(files, indent=4, sort_keys=True)
    js1 = js + ',' + '\n'
    open('mysamples1.json', 'a').writelines(js1)

输出

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{
    "category": "VCF", 
    "key": "HB-10-1", 
    "label": "HB-10-1", 
    "storeClass": "JBrowse/Store/SeqFeature/VCFTabix", 
    "type": "JBrowse/View/Track/HTMLVariants", 
    "urlTemplate": "vcf/HB-10-1_filtered.vcf.gz"
},
{
    "category": "VCF", 
    "key": "HB-10-2", 
    "label": "HB-10-2", 
    "storeClass": "JBrowse/Store/SeqFeature/VCFTabix", 
    "type": "JBrowse/View/Track/HTMLVariants", 
    "urlTemplate": "vcf/HB-10-2_filtered.vcf.gz"
},

JBrowse 结果

其他

安装制定版本为3.6，为什么python的版本是3.5.5

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(py3.6) [qi@localhost ~]$ python --version
Python 3.5.5
(py3.6) [qi@localhost ~]$
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conda install -c anaconda ipython  # su

目录高亮是怎么回事？

说明这个目录权限太高了，所有人都能够访问、修改、删除、运行。
正常情况，应该是Owner可以读写，all可读，root可以修改可执行权限才对。
正常情况，对于目录，应该权限设定为744，对于文件默认权限应该设定为644。
用户私有文件，权限应该设定为600。

更改文件拥有者

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ls -ld html/
chown -R qi:qi html/

py3.6的环境，我安装了samtools，也用不了。自然也就用不了，bgzip和tabix。

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(py3.6) [qi@localhost vcf]$ conda list | grep samtools
perl-bio-samtools         1.43            pl526h1341992_1    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
samtools                  1.9                  h57cc563_6    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda