集群上更新R并安装methylKit

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普通用户在集群上安装R
主要的教程
里面有一些需要注意的，
安装bzip，要加入一个 -fPIC 到 CFLAG 。（在 Makefile中CFLAG=-fPIC -Wall -Winline -O2 -g…）
在R安装configure之前需要注意设置环境变量

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LD_LIBRARY_PATH=/home02/qizhengyang/packages/lib
export CFLAGS="-I/home02/qizhengyang/packages/include"
export LDFLAGS="-L/home02/qizhengyang/packages/lib"

R安装完成之后

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export R_HOME=$HOME/packages/R
export R_LIBS=$HOME/packages/R/lib64/library
export PATH="$R_HOME/bin":$PATH

最后 source ~/.bashrc

装methyKit也是坑一堆。
我下了autoconf-2.69，libxml2-2.7.2。源码安装。./configure –prefix=/home02/qizhengyang/packages